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Una parte muy importante de la actividad del IH Cantabria se desarrolla en el campo de la asesoría a Administraciones Públicas y Empresas nacionales e internacionales. Durante los últimos años, IH Cantabria ha participado en más de 200 proyectos asesorando a más de 60 empresas y a diferentes administraciones públicas nacionales, autonómicas y locales, entre las que destacan el Ministerio de Medio Ambiente, Puertos del Estado, Confederaciones Hidrográficas y todas las Comunidades Autónomas costeras. En este sentido hay que destacar la colaboración con el Gobierno de Cantabria en proyectos tales como: la evaluación de los efectos del Prestige, el plan regional de Puertos, la red de calidad de las aguas costeras o la implantación de la nueva Directiva Marco del Agua en Cantabria, o el Mapa de Inundabilidad de Zonas costeras de Cantabria.
Entre las contribuciones más importantes en el campo de la transferencia tecnológica se encuentra el desarrollo del Sistema de Modelado Costero (SMC), una herramienta para el modelado integral del proceso costero, desarrollado para el Ministerio de Medio Ambiente y utilizado por las administraciones españolas y por más de 80 empresas consultoras.
Asimismo, IH Cantabria lideró conjuntamente con Puertos del Estado el primer consorcio de empresas consultoras y administraciones públicas en el ámbito de la ingeniería de costas y puertos para el desarrollo de financiación de proyectos de I+D+i. Resultado del mismo ha sido el modelo avanzado no lineal de ondas MANOLO, utilizado en la actualidad por 14 instituciones y empresas españolas.